全书共18章，第1-3章介绍了系统发生和系统树的基本知识，第4、5章阐释了分子系统发生学的信息学基础，第6章评估数据集系统发生信号，第7章讨论了分子进化模型及模型选择原理与方法，第8-12章就目前主要的系统发生分析方法从原理、软件操作、应用及局限性等方面进行了介绍，第13章讨论了系统发生假设检验的原理和方法；第14章分析了系统发生分析可靠性与影响因素；第15章总结了不同类型数据的分析策略，第16章对复杂数据系统发生的分析策略与方法进行了介绍，第17章是多基因数据分析策略和方法；第18章是系统树的可视化、注释与应用方面的内容。