《环境微生物生态学理论与应用》系统全面地阐述微生物生态学的基本原理、研究现状、微生物在地球化学循环中的作用；归纳环境微生物生态学的研究方法；解析活性污泥、饮用水管道、好氧反硝化脱氮微生物和景观水体微生物生态特征，并结合案例分析环境微生物生态学理论在高效菌群/菌株分离中的应用；介绍环境微生物生态学中针对高通量测序数据的多种高级统计分析方法和可视化技术。