《黄海底栖动物常见种形态分类图谱》分上、下两册，内容涵盖了环节动物、软体动物、节肢动物和棘皮动物等大型底栖生物的主要类群，以及刺胞动物、底栖鱼类等常见的较小门类，对小型底栖生物线虫也有较翔实的描述。上册共包括六部分，分别为多孔动物1科1种、刺胞动物9科22种、扁形动物2科2种、纽形动物7科10种、线虫动物19科73种、环节动物44科138种；下册共包括七部分，分别为星虫动物2科2种、软体动物42科76种、节肢动物43科76种、苔藓动物7科7种、腕足动物2科3种、棘皮动物19科29种、脊索动物22科45种。各部均以文字和图片（主要为实体图，部分是线条图）相结合的形式，描述相应门下各科常见于黄海的底栖种类形态特征，略述其生态习性、分布和参考文献，遇一科下有多属或种的情况编有分类检索表。