《生物能源基础与应用》分为生物能源基础和生物能源应用两篇。第一篇包括生物能源概论、生物能源与微生物、能源植物、能源微藻等四章内容，主要从生物能源的基本要素、基本原理等方面介绍生物能源基础知识。第二篇包括油脂基生物燃油、生物天然气、木质纤维素糖化和液体生物燃料、生物质热化学转化等四章内容，主要从不同形式的生物能源的生产工艺、生产设备、工程建设和运行等方面介绍生物能源的应用技术。