本书共11章：第1章为绪言；第2-4章为分子的经典力学模型，包括分子的物理模型、分子间相互作用以及常用分子力场；第5-8章为经典分子动力学模拟与第一性原理分子动力学模拟的基本原理与方法，包括分子体系的运动方程及其数值解、分子动力学模拟的技巧、MD模拟的统计力学基础、第一性原理分子动力学模拟；第9章和第10章分别为分子动力学模拟的应用、分子力场的构建与MD模拟的应用实例；第11章为与MD模拟有关的其他分子模拟方法。