本书由我国从事微生物基因组研究的专家们结合自己的研究领域撰写的论文组成，反映了我国微生物基因组研究的过去、现在，并指出了未来尚需研究的方向。分为真细菌基因组（包括人畜病原真细菌，农用真细菌，环境真细菌，冶金、食品真细菌基因组）；古生菌基因组；真核微生物基因组；病毒基因组；微生物基因组研究方法五个部分。