本书根据文献资料记载，对云南分布的各类微生物资源进行了汇总，包括菌物、细菌和古菌、动物和植物病毒、噬菌体。随着分类方法的改进和新分类概念的引入，微生物分类系统经历了多次变迁，极少部分种的分类地位出现了变动，但为了和原文献保持一致，种名没有更新，可根据最新文献和相关网站确证现在种名。本书记录了真核微生物真菌界、原生动物界、茸鞭生物界共7586种和亚种，原核生物界细菌域和古菌域1469种，植物和动物病毒共374种，噬菌体54种。尽量给每条名录提供了拉丁名和对应中文名、基物及生境、文献出处，可供从事相关领域的科研人员参考。