《鄱阳湖生态环境研究》第1章基于地形地貌、气象水文、流域水系、土壤植被、社会经济等方面对鄱阳湖及其流域概况进行介绍，第2～5章详细研究鄱阳湖湖泊物理与水文水资源情况、湖泊水环境情况、水域生态系统结构，以及洲滩湿地生态系统演变趋势，第6章根据分析内容制定鄱阳湖生态健康评估指标体系，包括湖泊物理与水文水资源、水环境、水域生态系统结构、湿地生态、社会服务五个方面，第7章在第6章的基础上进行健康评估，得出鄱阳湖生态健康基本状态，第8章提出鄱阳湖生态环境问题分析与保护对策。