科学研究方法学是研究科学研究方法的学问，讨论如何将科学方法论具体应用于科学研究，本书提出了独特的科学研究方法论体系、规则及系统化工作程序。十二对规则包括三对核心要素：目的和要求、任务和态度、步骤和方法；四项潜能：思想和品德、知识和能力、健康和生命、毅力和战术；三个影响因素：机遇和挑战、环境和协调、条件和利用；两个动态因素：学习和致用、检查总结和提高。这些规则应在辩证唯物主义的思想或科学发展观的指导下予以应用。系统化工作程序：①调研及选题，包括需求调研、环境调研、风险调研和科研选题；②规划，对目标、思想、环境、内容、程序、方法和质量检验进行规划；③科学实施，包括理论研究、数值分析、实验研究、创新点的提出、关键问题的突破和解决等；④科学研究质量的检验与评估，采用的方法包括理论方法、经验方法、试验方法、专家系统和用户信息反馈等。