全书共分四大部分26章：第一部分微生物工程原理、第二部分微生物工程下游加工工程、第三部分微生物工程生产设备、第四部分微生物工程生产工艺和产品举例。全书将理科的有关知识与必要的工程技术知识有机结合，使学生既能掌握比较专业的理论知识，又能掌握基本的计算和设计工艺流程的原理和方法。